Waar het archief van het ambachtsbestuur zich voor de inrichting van het stadhuis in 1855 bevond, is niet bekend. Volgens een aantekening in één van de oude inventarissen lag het archief op 'de secretarie', doch het is onbekend waar deze zich bevond. In deze oude inventarissen, uit 1713 en vermoedelijk 1795, worden meer stukken genoemd dan bij de herinventarisatie van 1924 aangetroffen zijn. De ontbrekende stukken blijken zich in het oud-rechterlijk archief van Heemstede te bevinden.
Curieus is dat de raadsnotulen over de periode 1814-1816 ontbreken. De raadsnotulen van Bennebroek, waarmee Heemstede in die periode één gemeente vormde, ontbreken ook over die jaren.
Oorspronkelijk werden de ingekomen en minuten van uitgaande stukken chronologisch geborgen in een enkele serie. Met de uitbreiding van de correspondentie bleek dit niet langer te voldoen. Daarom ging men in de jaren zestig van de 19de eeuw over op een systeem, waarbij een nummer werd toegekend aan vastgestelde rubrieken. Alle correspondentie betreffende zo'n rubriek werd geborgen op dit nummer. Bij de bewaard gebleven mappen die volgens dit systeem geborgen waren, heb ik binnen de rubrieken geen bepaalde volgorde kunnen constateren. Soms lijken de stukken chronologisch geordend, soms op naam van de afzender, maar vaker heb ik er geen enkele ordening in kunnen ontdekken.
In 1907 is men begonnen met een nieuw registratuurstelsel. Het bestond ook weer uit rubrieken die correspondeerden met een nummer, vaak hetzelfde nummer van het oude systeem. Bij het in- en/of uitboeken werd dit nummer samen met een volgnummer op het stuk gezet. Aan de binnenzijde van de mappen werd het volgnummer genoteerd met daarachter de datum van ontvangst of verzending, de afzender of geadresseerde en een korte omschrijving van de inhoud. De stukken werden nu binnen de rubriek keurig op volgnummer geborgen.

Veel stukken werden later echter weer verwijderd om in een andere rubriek, met nieuw volgnummer, geplaatst te worden. De eerdere nummers werden dan doorgestreept. Op sommige stukken treft men wel drie doorgestreepte nummers aan, die stukken zijn dus vier keer van map gewijzigd.
Een registertje met onderwerpen verwijzend naar de betreffende rubrieknummers vormde de ingang op het archief. Ongetwijfeld zal er ook een lijst geweest zijn van de nummers en hun rubrieken, doch deze is niet aangetroffen. Veelal zijn de originele mappen waarin de stukken geborgen zaten verdwenen, en daarmee ook de op die mappen vermelde registratie. Slechts van rubrieknummer 28 vanaf volgnummer 151 tot en met rubrieknummer 92 zijn de originele mappen bewaard gebleven.
Deze serie is begonnen per 1 januari 1907 en liep door tot aan de invoering van de code VNG op 12 juli 1926. De stukken van na 31 december 1919 zijn echter door de bewerker van het inventarisblok 1920-1929 verwijderd en, herordend volgens de code VNG, opgenomen in zijn inventaris. Echter trof ik hier en daar toch nog stukken van na 1919 aan. Deels betreft dit stukken zoals jaarverslagen, die terugwijzen op de eerdere periode, maar dat is niet altijd het geval. Bijvoorbeeld rubrieknummer 36, verlof tot begraven, loopt helemaal tot augustus 1926 door.

Een dossier (inventarisnummer 95) in het genoemde archiefblok 1920-1929 geeft interessante informatie over de inventarisatie van het oud-archief. In een brief van 3 mei 1923 herinnert de Rijksarchivaris in Noord-Holland het gemeentebestuur aan zijn inspectie van het voorgaande jaar, waarbij hij drie laden met losse, niet geïnventariseerde stukken aangetroffen had. Aangezien zijn archiefklerk 'thans de handen vrij krijgt', stelt hij voor om deze de stukken (op kosten van de gemeente) te laten ordenen en invoegen in de rest van het oud archief, dat overigens keurig op orde is. Na het nodige heen en weer geschrijf verklaarde het gemeentebestuur zich akkoord. Begin 1924 was de inventarisatie van het oud archief (1580-1809) door G. van Es voltooid. In een brief van 30 januari van dat jaar meldt de Rijksarchivaris dat de stukken kunnen worden teruggehaald. Hij geeft in overweging om daarvoor 'liefst twee man met een handwagen met één grote kist of althans dekkleden' te zenden. De burgemeester nam dit ter harte: op 5 februari zond hij de order tot ophaling van het archief aan de gemeenteopzichter, met verzoek om kleden voor behoorlijke afdekking mee te geven. Zo keerde het archief weer terug naar het Raadhuis.
Het archief, dat zo'n 40 meter beslaat, is in 2003 overgebracht naar de Archiefdienst voor Kennemerland, het huidige Noord-Hollands Archief.