Codde kwam in moeilijkheden, omdat hij weigerde het "Formulier van Alexander VII" te ondertekenen. In dat geschrift werden vijf stellingen veroordeeld, die volgens de roomsgezinden in de katholieke kerk waren ontleend aan het boek "Augustinus, of de leer van Augustinus over de gezondheid, ziekte en genezing van de menselijke natuur" van Cornelius Jansenius (1585-1638), bisschop van Yperen. In de ogen van de roomsgezinden waren die stellingen ketters. ledere geestelijke, die bij zijn wijding weigerde het "Formulier" te ondertekenen, werd beschouwd als Jansenist. De veroordeling van het genoemde, in 1640 verschenen boek, door paus Alexander VII in 1665 was ingegeven door de Jezuïeten. Een van hun doeleinden was het uitschakelen van het klooster Port-Royal in Frankrijk, waar het boek van Jansenius werd verdedigd.

Codde werd in 1702 buiten spel gezet door de benoeming tot apostolisch vicaris van Theodorus de Cock door de Jezuïetisch gezinde paus Clemens XI. De Staten van Holland verboden de katholieken de in hun ogen onrechtmatig benoemde De Cock te erkennen en verlangden van Rome de daar tegen zijn wil vastgehouden Codde te laten terugkeren op straffe van verbanning van de Jezuïeten en gevangenneming van De Cock. Codde mocht in 1703 Rome verlaten voor de terugreis. De kapittels van Utrecht en Haarlem bleven Codde trouw en weigerden De Cock te erkennen. Zo ontstond een scheuring (schisma) in de R-K. gemeenschap in de republiek. Veel geestelijken gingen achter de roomse partij staan, waaronder later ook het kapittel van Haarlem. Van de 300.000 katholieken met zo'n 340 geestelijken bleven er uiteindelijk maar enkele duizenden achter de partij van de aartsbisschop staan. Pastoorsvacatures werden zo spoedig mogelijk door pausgezinde geestelijken bezet, terwijl ook de Jezuïeten een krachtige greep op het volk hadden gekregen. Na de dood van Codde in 1710 was er geen bisschop meer om bijvoorbeeld wijdingen te verrichten.

Vanuit ongeveer eenzelfde achtergrond als waaruit de veroordeling van het boek "Augustinus" voortkwam, moet worden gezien de veroordeling van het boek "Reflexions morales sur le Nouveau Testament" van Pasquier Quesnel (1634-1719), verschenen in 1687. Over dat boek handelde de bul "Unigenitus" uit 1713. Het Jansenisme wordt daarin op de meest vernietigende manier gevonnist. De katholieke kerk in Frankrijk raakte in grote beroering. Een groot aantal bisschoppen en andere geestelijken, kloosters, theologische faculteiten en anderen weigerden de bul te accepteren. De Franse regering stelde zich echter achter de bul, die in 1730 zelfs tot wet werd verheven. Tegenstanders werden met de strengste middelen vervolgd en velen vluchtten naar Nederland en vestigden zich op Schonauwen en Rijswijk in de buurt van Utrecht. Quesnel was hen in 1704 al voorgegaan naar Amsterdam.

De Utrechtse kerk intussen had nog steeds geen opvolger voor Codde en moest steeds voor wijdingen de hulp van buitenlandse bisschoppen inroepen. De belangrijkste daarvan was Dominicus Maria Varlet, bisschop van Babylonie, een Franse geestelijke, die de bul niet had willen onderschrijven. Van 1720 tot aan zijn dood in 1742 woonde hij in Nederland.