De sector Gemeentewerken is ontstaan als onderdeel van de reorganisatie van de gemeente Haarlem op 1 januari 1991. De oude diensten en delen van de secretarie werden sinds deze datum samengevoegd tot grotere sectoren die naast de uitvoerende taken ook de beleidsvoorbereiding voor hun rekening namen. Het doel daarbij was om zo meer samenhang in de organisatie te krijgen en de gemeente beter bestuurbaar te maken. *  Om dit te bereiken, werden er naast Gemeentewerken vijf andere sectoren opgericht: Bestuursdienst, Bouwen, Wonen, Economie (BWE), Educatie, Sport, Recreatie en Cultuur (ESRC), Natuur & Milieu en Welzijn, Sociale Zaken & Gezondheid (WSG). De sector Gemeentewerken is voortgekomen uit het tot 1990 bestaande bedrijf Openbare Werken/Grondbedrijf en een aantal andere organisatieonderdelen. Het hoofdkantoor van Gemeentewerken bevond zich in deze tijd in het gebouw Koningstein aan het Zuider Spaarne te Haarlem. Het duurde een aantal jaren voordat de reorganisatie haar definitieve vorm kreeg en reeds in 1997 moest de conclusie worden getrokken dat de organisatie toch anders diende te worden ingericht. De doelstelling van een betere dienstverlening, meer slagvaardigheid en een hogere graad van efficiency bleek niet ten volle te worden bereikt. Een reorganisatie met ingang van 1998 bleek nodig om meer samenhang te brengen tussen de verschillende sectoren. *  De sectoren opereerden te zelfstandig ten opzichte van elkaar waardoor de bestuurbaarheid van de organisatie als geheel te wensen over liet. De sector Gemeentewerken en de andere sectoren werden opgeheven.

Met aan het hoofd de sectordirecteur had Gemeentewerken zowel adviserende als uitvoerende taken. Dit gebeurde vanuit de volgende afdelingen: Bouwkunde, Monumentenzorg en Archeologie (BMA), Civiel en Haven, Grondbedrijf, Verkeer en Vervoer, Parkeerzaken (vanaf 1993), Woningbedrijf (tot 1993) en Bedrijfs- en managementondersteuning. Aan het begin van 1991 beschikte de sector over 319 formatieplaatsen.

De afdeling BMA was verantwoordelijk voor nieuwbouw, verbouw en restauraties, bouwkundig onderhoud, installatietechniek en de bewaking van het cultureel erfgoed in de vorm van monumentenbeleid en archeologie. Tevens hield de afdeling BMA begeleiding en toezicht bij het beheer van monumentale panden: restauratie, verbouw en/of onderhoud en subsidieverstrekking.

Bij de afdeling Civiel en Haven is in deze periode een steeds verdergaande daling te zien in haar taak rond het bouw- en woonrijp maken van terreinen, als gevolg van het vol gebouwd raken van de stad. Aandacht voor bruggen in de stad neemt daarentegen veel van haar tijd in beslag, naast reguliere zaken zoals de herprofilering van straten en pleinen, onderhoud walmuren, rioleringswerken, de aanleg van parkeerplaatsen etc.

Het Grondbedrijf was betrokken bij het verwerven en de exploitatie van gronden en opstallen. Het slopen van gebouwen en bouwrijp maken van gronden is daarvan een onderdeel. In het algemeen betrof het aangelegenheden op het terrein van koop/verkoop en huren en verhuren van gronden en opstallen.

De afdeling Verkeer en Vervoer was verantwoordelijk voor de planontwikkeling m.b.t verkeersaangelegenheden, zoals het opstellen van verkeerscirculatieplannen en de reconstructie van verkeersknooppunten teneinde het verkeer te stroomlijnen en overlast zoveel mogelijk tegen te gaan. Met de opheffing van de Stichting Parkeervoorzieningen, besloot de gemeenteraad in december 1992 om alle parkeerzaken in principe te concentreren bij de sector. Daartoe werd met ingang van 1994 een aparte afdeling met deze naam opgericht. Veel aandacht in deze en volgende jaren ging daarbij uit naar de invoering van de parkeerbelasting en de wielklem. Wat betreft openbaar vervoer vond er studie en een begin van uitvoering plaats voor de aansluiting op de Zuidtangent. Met de Nederlandse Spoorwegen werd overlegd over het nieuwe station Haarlem-Spaarnwoude.

Voor het Woningbedrijf stond in deze jaren de voorbereiding en realisatie van de privatisering centraal. Onderzoek naar de mogelijkheden, discussies, oplossen van problemen en voorbereiding van de politieke besluitvorming namen veel tijd in beslag. Per 31 december 1992 kreeg de privatisering haar beslag. Het Woningbedrijf verhuisde van het Brinkmannkantoor naar het pand aan het Florapark. In het kader van de privatisering werd besloten dat de nieuwe woningstichting alleen het beheer van standplaatsen en de verhuur van woonwagens zou uitvoeren. Het eigendom van de woonwagencentra bleef bij de gemeente (het Grondbedrijf).
Bedrijfs- en managementondersteuning: als gevolg van de reorganisatie vond de archiveringsfunctie niet langer centraal plaats. Vanaf 1991 werd hierin voorzien per sector. Medio februari 1993 werd bij Gemeentewerken het geautomatiseerde postregistratiesysteem Documentmanager van Circle geïntroduceerd. * 

Bedrijfs- en managementondersteuning: als gevolg van de reorganisatie vond de archiveringsfunctie niet langer centraal plaats. Vanaf 1991 werd hierin voorzien per sector. Medio februari 1993 werd bij Gemeentewerken het geautomatiseerde postregistratiesysteem Documentmanager van Circle geïntroduceerd. *