De secretariaatsarchieven en de dossiers van het Handelsregister vormen de kern van de archieven van de Kamers. Zij bevatten een geweldige hoeveelheid informatie over belangrijke sociaal-economische en infrastructurele onderwerpen, over de positie en ontwikkeling van het Haarlemse bedrijfsleven en over de bedrijven zelf. De kern van de secretariaatsarchieven wordt gevormd door de series notulen van de leden-, commissie- en bestuursvergaderingen, alsmede de zeer uitvoerige jaarverslagen. Beide series geven een goed inzicht in de organisatie en werkzaamheden van de Kamers en hun maatschappelijke positie.

De secretariaatsarchieven bevatten veel bescheiden die uitsluitend ter informatie werden ontvangen en die uiteindelijk niet tot een zaak hebben geleid. Ook bevat het archief veel stukken betreffende routinematige uitvoering van wetten, met name die betrekking hebben op de middenstand. De Kamers waren in vele externe commissies en overlegorganen vertegenwoordigd. Genoemde categorieën: ter informatie ontvangen stukken, stukken betreffende de routinematige uitvoering van wetten alsmede lidmaatschapsarchieven, komen niet voor blijvende bewaring in aanmerking en zijn voor vernietiging afgezonderd.

De tijd waarin het archief is gevormd beslaat de periode 1922-1995. In 1922 werd de gereorganiseerde Kamer van Koophandel en Fabrieken te Haarlem ingesteld naar aanleiding van de Wet op de Kamers van Koophandel van 1921. De einddatum 1 januari 1996 is bepaald door de fusie op die datum met de Kamer van Koophandel Amsterdam. In 1987 werd het secretariaatsarchief van 1851 tot 1970 overgedragen aan het Rijksarchief in Noord-Holland. Daarin opgenomen waren de restanten van de Kamer van Koophandel te Velsen. De stukken van voor 1922 zijn vervreemd naar de gemeentearchieven van Haarlem en Velsen. In 1996 is het overige deel van het secretariaatsarchief, na bewerking, overgedragen aan het rijksarchief. Een groot deel van dit bestand was reeds in 1993 bewerkt door de Centrale Archief Selectiedienst (CAS). De Kamer vond de ordening na bewerking door de CAS echter dermate onhandig dat de stukken weer volgens de eigen code herordend zijn. De oorspronkelijke ordening van het archief was niet consequent toegepast en de rubrieksomschrijvingen waren, van jaar tot jaar, tamelijk willekeurig gekozen. Het deel dat in 1996 is overgedragen was weer geordend volgens een code. Het zou voor de toekomstige gebruiker van het archief moeilijk zijn bescheiden over bepaalde onderwerpen te vinden. Daarom is besloten deze oude ordening te laten vallen. De nieuwe ordening binnen de inventaris is die van algemeen naar bijzonder, waarbij van de taakvoering is uitgegaan. Bescheiden van zowel permanente als ad hoc commissies zijn geplaatst bij het onderwerp waar de betreffende commissie mee te maken had.

In het archief vanaf 1922 is selectie toegepast aan de hand van de "Lijst van voor vernietiging in aanmerking komende archiefbescheiden van de Kamers van Koophandel en Fabrieken in Nederland, 1979". Na de selectie kwam 13,4 meter secretariaatsarchief en 347,5 meter vervallen dossiers van het Handelsregister plus kaartsysteem voor blijvende bewaring in aanmerking.

De archiefbescheiden verkeren in goede materiële staat. Plastic mappen, kartonnen omslagen, ijzerwerk en oude archiefdozen zijn verwijderd en vervangen door zuurvrije omslagen en nieuwe archiefdozen.