Deze statie is de opvolgster van de begijnenkerk, die in 1581 met alle bezittingen aan de stad "overging". Langzamerhand hebben de begijnen in de loop der jaren zich weer verschillende eigendommen weten te verwerven. Ten noorden van het Begijnhof lag de z.g.n. Lange Poort. Zij begon in de Jansstraat (ingang zuidelijk naast de tegenwoordige pastorie) en kwam uit op de Bakenessergracht. Alle percelen van deze poort zijn geleidelijk door de begijnen aangekocht. Zo vormde men uit deze woningen als het ware een nieuw hofje. De naam Lange Poort kwam te vervallen en werd in het vervolg Kloppenpoort genoemd. Jaren te voren had men de grootste kamer van een huis aan de noordzijde van het hof tot kapel ingericht. Deze kapel, toegewijd aan de H. Begga, stond met de Kloppenpoort in verbinding. Vervolgens was ook het huis "Rodenburch" in de Jansstraat, naast de poort van het hof, eigendom der begijnen geworden. Sinds 1695 diende dit perceel tot woning voor de pastoor. Uit de doop- en trouwboeken, welke in 1629 aanvangen, blijkt, dat de pastoors in die tijd pastoralia beginnen uit te oefenen. Toch duurde het nog tot 1694, voordat men van een vaste statie kon spreken. Zoals begrijpelijk is, werd het kapelletje achter het huis Rodenburch te klein, om de leden der steeds groeiende gemeente te kunnen bevatten. Daarom kocht pastoor Joseph Cousebant in 1669 een huis op het Goudsmidspleintje, waar nu nog in de gevel staat "Dit is de Goutsmits Camer". *  Dit huis, "de grote kerk" genoemd, werd aan de H.H. Joseph en Maria Magdalena toegewijd. Zij was bestemd om op zon- en feestdagen de godsdienstplechtigheden te vieren.

De kleine kapel werd gereserveerd voor de dagen in de week, welke gewoonte tot 1843 in gebruik is gebleven. Zo was de toestand, toen de 19de januari 1839 pastoor P.L.G. Boin aan de vice-superior Antonucci zijn voornemen kenbaar maakte een nieuwe kerk te bouwen. De statie telde toen ruim 1000 communicanten. Op 1 juni 1841 werd een begin gemaakt met het slopen van het zuidelijk deel der panden in de Kloppenpoort, met het huis Rodenburch en het daarachter gelegen kapelletje.

Op 31 mei 1843 werd de kerk door mgr. van Curium plechtig geconsacreerd en tien jaar later, 7 juni 1853, volgde de verheffing van de S. Josephkerk tot kathedraal.

Pastoors vanaf 1630 tot 1858: