Deze commanderij, ook wel S. Jansconvent genoemd, dankt zijn ontstaan aan Gerard van Tetrode, kanunnik van S. Marien te Utrecht. *  Deze schonk in 1310 zijn huizen en erven, welke hij in Haarlem bezat aan het Utrechtse huis van S. Jan en S. Catrijnen, om deze als klooster in te richten. Nog hetzelfde jaar bekrachtigde bisschop Gwy van Avennes deze schenking en konden de ridders van S. Jan in Haarlem hun intrede doen.

Oorspronkelijk als dubbelklooster gesticht, vindt men maar zelden van vrouwelijke leden melding gemaakt. Toen in 1312 de orde der Tempeliers door paus Clemens V werd opgeheven, gingen de Haarlemse conventualen met al hun bezittingen tot de orde van de Johannieters over. Waarschijnlijk heeft Jacob van Denemarken, bisschop van Zuda en vicaris-generaal van de bisschop van Utrecht, uit deze pas verworven eigendommen in 1316 een prachtig kloostergebouw doen optrekken, waaraan hij het volgend jaar de thans nog bestaande kerk toevoegde. Dit klooster heeft dikwijls tot verblijfplaats gediend voor de graven van Holland, die de commanderij met vele gunsten overlaadden. Op 2 april 1319 schonk Willem III hun de kerk van Heemskerk en 24 november 1328 die van Hazerswoude en Zoeterwoude, waaraan Philips van Bourgondië op 16 november 1447 de kerk van Beverwijk toevoegde. Deze stond hun ook de heergewaden af. *  Het huis te Haarlem was niet een op zich zelf staand convent, dat door een eigen kapittel bestuurd werd, maar een fraterhuis van de Landcommanderij te Utrecht, die de commandeur benoemde en de jurisdictie uitoefende. 18 april 1469 echter werd het huis souverein en konden de conventualen in het vervolg zelf hun commandeur of praeceptor kiezen. Bij afwezigheid werd zijn plaats door de prior vervuld. De cellerarius droeg zorg voor het tijdelijk beheer en was ook de biechtvader der kloosterlingen. Het klooster stond in de Jansstraat, waar voorheen het rusthuis der Ned. Herv. Gemeente zich bevond en strekte zich met de bijgebouwen, de tuin en de boomgaard en het daarachter gelegen gasthuis, over de gehele oppervlakte uit, welke thans door de Jansstraat en de Ridderstraat begrensd wordt. Dit gasthuis, gelegen in de Wijngaardstraat was in 1390 door Dirck de Roeper gesticht. Hij had daarvoor 4 kleine huisjes aangewezen, waarin de praeceptor zes ouden van dagen moest onderhouden. * 

Tijdens het beleg van Haarlem is het klooster op 2 april 1573 geplunderd en verwoest. De conventualen wisten zich door de vlucht te redden. Na hun terugkeer werden zij in het beheer hunner bezittingen hersteld, totdat in 1625 bij de dood van de laatste commandeur, Andries van Souwen, alle eigendommen aan de stad vervielen. Alleen de kerk herinnert nog aan deze eens zo bloeiende stichting. Sinds 1936 doet zij dienst als gemeentelijke archiefbewaarplaats. Ook de archivalia van de commanderij worden voor het grootste gedeelte daar bewaard. Zie ook Warmond ch. 156 en Monasticon Batavum, deel II, 82.