In een giftbrief van 17 september 1372, waarin voor het eerst van deze stichting wordt melding gemaakt, worden de zusters genoemd "susteren van der derden oirde den beginne" *  dus tertiarissen van de derde orde van S. Franciscus, begijnen. Reeds vrij spoedig bezaten zij een kapelletje aan de H. Franciscus toegewijd. In 1395 bouwden zij een convent en gingen tot het kloosterleven over. In de loop der tien volgende jaren verleenden de wereldlijke autoriteiten hun goedkeuring, waarbij het klooster onder de schutse van Sint Maarten werd gesteld. Toen in 1404 de bisschop van Utrecht de kloostervereniging had erkend, *  schonk ook de pastoor haar de gewone privileges. (1408) * 

Vanaf 14 april 1428 dateert haar overgang tot de orde van S. Augustinus en haar incorporatie bij het kapittel van Sion. Sindsdien noemden zij zich "nonnen regularessen van Zijl". In den beginne werd het bestuur door een meesteres uitgeoefend, *  terwijl na 1428 een priorin, ook wel mater genoemd, aan het hoofd van het convent stond, en een procuratrix de wereldlijke belangen behartigde. *  Het geestelijk bestuur voerde de rector, pater of confessor. Deze functie werd door een regulier vervuld, wat uit verschillende charters blijkt. Steeds wordt er van "broeder" gesproken *  , in tegenstelling tot de seculieren, die met "heer" betiteld worden. Door de vele bezittingen mag deze stichting tot de rijke kloosters gerekend worden. Klein begonnen - in 1370 bezaten zij slechts één huis in de Zijlstraat - heeft dit convent zich steeds meer en meer uitgebreid. In 1421 werd de kapel door een kerk vervangen; *  in 1457 is de kapel verbouwd en het kerkhof, aan de zuidzijde gelegen, geconsacreerd. *  13 mei 1493 gaf de stadsregering verlof het klooster te vergroten. * 

Verder vindt men nog melding gemaakt van een vernieuwing van de refter in 1553, bij welke gelegenheid de stad een fraai glas-in-lood raam aanbood. *  Na de algehele voltooiing grensde het complex ten oosten aan de Smalle Oudegracht, ten zuiden aan de Raaks, terwijl de hoofdingang zich in de Zijlstraat bevond. Tijdens de reformatie werd ook het Zijlklooster opgeheven en de goederen gesequestreerd. Gedurende de jaren 1582 tot 1589 diende een gedeelte der gebouwen tot verblijf voor de paltsgravin Amalia, weduwe van Hendrik van Brederode. Daarna is het verkocht. De kerk heeft nog tot het begin van de 19de eeuw bestaan, gebruikt voor allerlei doeleinden, als opslagplaats van turf voor de generale aalmoezenier, voor ammunitie en in de Franse tijd zelfs als paardenstal. De klok op de toren regelde tot 1818 het vertrek der veerschuiten, welke de verbinding met Leiden onderhielden. Later is op deze terreinen het post- en telegraafkantoor gebouwd.
De archiefstukken over verschillende plaatsen verspreid zijn goed bewaard. Zie Monasticon Batavum, deel I, 95 en deel II, 80. Warmond: 93 H 32; 93 A 12; 93 A 15; ch. 51-53.